Strukturę organizacyjną Regionalnego Szpitala Specjalistycznego im. Dr. Wł. Biegańskiego w Grudziądzu tworzą :
- zakłady,
- działy,
- oddziały,
- zespoły,
- poradnie,
- pracownie,
- inne szpitalne ośrodki medyczne,
- sekcje,
- inspektoraty,
- referaty,
- biura
- gabinety

Organizacja wewnętrzna Szpitala została określona w załączniku do Regulaminu Porządkowego Regionalnego Szpitala Specjalistycznego im. Dr. Wł. Biegańskiego w Grudziądzu.

Struktura organizacyjna Regionalnego Szpitala Specjalistycznego im. Dr. Wł. Biegańskiego  w Grudziądzu.

Oddziały Szpitalne

Grudziądz
1. Anestezjologii i Intensywnej Terapii z pododdziałem Pediatrycznym
2. Chirurgii Ogólnej
3. Chirurgii Onkologicznej
4. Chirurgii i Traumatologii Dziecięcej
5. Chorób Wewnętrznych, Diabetologiczny i Reumatologiczny
6. Chorób Wewnętrznych i Zaburzeń Przemiany Materii
7. Dializ
8. Dziecięcy
9. Dziecięco-Młodzieżowy, Endokrynologii, Kardiologii i Neurologii Dziecięcej
10. Endokrynologiczny
11. Gastroenterologiczny
12. Kardiologiczny, Nadciśnienia Tętniczego i Kardiologii Inwazyjnej
13. Medycyny Paliatywnej
14. Nefrologiczny
15. Neonatologiczny z pododdziałem Patologii i Intensywnej Terapii Noworodka
16. Neurochirurgiczny
17. Neurologiczny z pododdziałem Udarowym
18. Niemowlęcy
19. Okulistyczny
20. Onkologii Klinicznej
21. Opieki Długoterminowej
22. Otolaryngologiczny
23. Położniczo-Ginekologiczny
24. Psychiatrii Dzieci i Młodzieży
25. Psychiatryczny Dzienny
26. Pulmonologiczny
27. Rehabilitacyjny
28. Urazowo – Ortopedyczny
29. Urologii Ogólnej i Onkologicznej
30. Zakład Pielęgnacyjno - Opiekuńczy w Grudziądzu

Brodnica
1. Anestezjologii i Intensywnej Terapii II w Brodnicy
2. Dziecięcy II w Brodnicy
3. Medycyny Paliatywnej w Brodnicy
4. Neonatologiczny II w Brodnicy
5. Wewnętrzny III z salą Intensywnego Nadzoru Kardiologicznego w Brodnicy
6. Położniczo-Ginekologiczny II w Brodnicy
7. Urazowo – Ortopedyczny II w Brodnicy
8. Chirurgii Ogólnej II w Brodnicy
9. Zakład Pielęgnacyjno - Opiekuńczy w Brodnicy

Poradnie Specjalistyczne

1. Ambulatorium Chemioterapii
2. Alergologiczna 
3. Alergologiczna dla Dzieci 
4. Anestezjologiczna 
5. Audiologiczna
6. Chirurgiczna Ogólna dla Dzieci 
7. Chirurgii Ogólnej 
8. Chirurgii Ogólnej w Brodnicy 
9. Chirurgii Onkologicznej 
10. Chirurgii Onkologicznej II w Brodnicy
11. Chorób Płuc i Gruźlicy 
12. Chorób Płuc i Gruźlicy II w Brodnicy 
13. Chorób Zakaźnych dla Dzieci 
14. Diabetologiczna 
15. Diabetologiczna II w Brodnicy
16. Diabetologiczna dla Dzieci 
17. Dla Kobiet w Ciąży 
18. Dla Osób z Problemami Alkoholowymi w Brodnicy
19. Endokrynologiczna
20. Endokrynologiczna dla Dzieci
21. Endokrynologiczno – Ginekologiczna
22. Gastroenterologiczna 
23. Gastroenterologiczna w Brodnicy
24. Ginekologiczna dla Dziewcząt 
25. Ginekologiczno – Położnicza  
26. Ginekologiczno – Położnicza II w Brodnicy 
27. Kardiologiczna z Pracownią Elektrokardiograficzną
28. Kardiologiczna dla Dzieci z Pracownią Echokardiograficzną 
29. Kardiologii Inwazyjnej 
30. Kompleksowa Ambulatoryjna Opieka Specjalistyczna (nad chorym na cukrzycę)
31. Leczenia Bólu
32. Logopedyczna 
33. Medycyny Nuklearnej
34. Nefrologiczna
35. Nefrologiczna dla Dzieci 
36. Neurologiczna 
37. Neurologii Wieku Rozwojowego 
38. Neurochirurgiczna 
39. Okulistyczna 
40. Okulistyczna dla Dzieci 
41. Onkologiczna 
42. Otolaryngologiczna 
43. Otolaryngologiczna dla Dzieci
44. Ortopedyczna dla Dzieci 
45. Patologii Noworodka 
46. Patologii Noworodka II w Brodnicy
47. Preluksacyjna 
48. Preluksacyjna II w Brodnicy 
49. Profilaktyczna
50. Profilaktyki Chorób Piersi 
51. Profilaktyki Chorób Piersi w Brodnicy
52. Profilaktyki Onkologicznej z Gabinetem USG w Brodnicy 
53. Psychologiczna
54. Psychologiczna dla Dzieci i Młodzieży
55. Pulmonologiczna dla Dzieci 
56. Rehabilitacyjna 
57. Rehabilitacyjna II w Brodnicy 
58. Reumatologiczna 
59. Sportowa 
60. Szkoła Rodzenia 
61. Urazowo-Ortopedyczna 
62. Urazowo-Ortopedyczna II w Brodnicy 
63. Urologiczna 
64. Wad Postawy 
65. Wad Postawy II w Brodnicy
66. Zdrowia Psychicznego 
67. Zdrowia Psychicznego II w Brodnicy 
68. Zdrowia Psychicznego dla Dzieci i Młodzieży
69. Zespół Wyjazdowy Opieki Paliatywnej

Pracownie

1. Pracownia Rezonansu Magnetycznego
2. Pracownie Tomografii Komputerowej
3. Pracownia Tomografii Komputerowej II w Brodnicy
4. Pracownie Radiologii Konwencjonalnej
5. Pracownia Radiologii Konwencjonalnej II w Brodnicy
6. Pracownie Ultrasonografii
7. Pracownia Ultrasonografii II w Brodnicy
8. Pracownia Mammograficzna
9. Pracownia Mammograficzna II w Brodnicy
10. Pracownia Angiograficzna
11. Pracownia Hemodynamiczna

Laboratorium Analityczne

Pracownia Analityki Ogólnej
Pracownia Analityki Ogólnej II w Brodnicy
Pracownia Hematologii
Pracownia Hematologii II w Brodnicy
Pracownia Immunochemii
Pracownia Biochemii
Pracownia Wirusologii

Laboratorium Mikrobiologiczne

Pracownia Bakteriologii Ogólnej
Pracownia Prątka Gruźlicy
Pracownia Chorób Przenoszonych Drogą Płciową
Pracownia Mykologiczna

Ratownictwo Medyczne

Zespoły Ratownictwa Specjalistycznego
Zespoły Ratownictwa Podstawowego
Dyspozytornia
SOR – Pion Ogólno-Zabiegowy
SOR – Pion Pediatryczny
SOR – Pion Chirurgii Dziecięcej
Ambulatorium Pomocy Doraźnej
Izba Przyjęć Położniczo - Ginekologiczna
SOR w Brodnicy
Stomatologiczna Pomoc Doraźna
Wyjazdowa Opieka Lekarska
Wyjazdowa Opieka Pielęgniarska

Zakład Patomorfologii

Pracownia Histopatologiczna
Pracownia Cytologiczna
Prosektorium Szpitalne

Zakład Medycyny Nuklearnej

Inne Ośrodki Medyczne

Blok Operacyjny Ogólny
Blok Operacyjny Pediatryczny
Blok Operacyjny II w Brodnicy
Centralna Sterylizatornia
Apteka Szpitalna
Bank Krwi z Pracownią Serologiczną
Bank Krwi z Pracownią Serologiczną w Brodnicy
Pracownia Endoskopowa
Pracownia Endoskopowa II w Brodnicy
Pracownia Echo dla Dzieci
Pracownia Prób Wysiłkowych dla Dzieci
Pracownia Biopsyjna
Zakład Fizykoterapii
Apteka Otwarta "Pod Solankami"
Podstawowa Opieka Zdrowotna