Strukturę organizacyjną Regionalnego Szpitala Specjalistycznego im. Dr. Wł. Biegańskiego w Grudziądzu tworzą :
- zakłady,
- działy,
- oddziały,
- zespoły,
- poradnie,
- pracownie,
- inne szpitalne ośrodki medyczne,
- sekcje,
- inspektoraty,
- referaty,
- biura,
- gabinety

Organizacja wewnętrzna Szpitala została określona w załączniku do Regulaminu Porządkowego Regionalnego Szpitala Specjalistycznego im. Dr. Wł. Biegańskiego w Grudziądzu.

Struktura organizacyjna Regionalnego Szpitala Specjalistycznego im. Dr. Wł. Biegańskiego  w Grudziądzu.

Oddziały Szpitalne

Grudziądz
1. Anestezjologii i Intensywnej Terapii 
2. Anestezjologii i Intensywnej Terapii dla Dzieci
3. Balneologii i Fizykoterapii
4. Chirurgii Naczyniowej
5. Chirurgii Ogólnej
6. Chirurgii Onkologicznej 
7. Chirurgii i Traumatologii Dziecięcej
8. Chorób Wewnętrznych, Diabetologiczny i Reumatologiczny
9. Chorób Wewnętrznych i Zaburzeń Przemiany Materii 
10.Dializ 
11.Dziecięcy 
12.Dziecięco-Młodzieżowy, Endokrynologii, Kardiologii i Neurologii Dziecięcej 
13. Endokrynologiczny i Terapii Izotopowej
14. Gastroenterologiczny 
15. Intesywnego Nadzoru Kardiologicznego i Kardiologii Inwazyjnej 
16.Kardiologii, Elektrofizjoligii i Zaburzeń Rytmu

17. Kardiochirurgiczny

Medycyny Paliatywnej
17. Nefrologiczny 
18. Neonatologiczny z pododdziałem Patologii i Intensywnej Terapii Noworodka 
19. Neurochirurgiczny 

20. Neurologiczny
20. Niemowlęcy 
21. Okulistyczny 
22. Onkologii Klinicznej 
23. Otolaryngologiczny 
24. Położniczo-Ginekologiczny 
25. Psychiatrii Dzieci i Młodzieży 
26. Psychiatryczny 
27.Psychiatryczny Dzienny
28. Pulmonologiczny
29. Rehabilitacji Ogólnoustrojowej z pododziałem Rehabilitacji Neurologicznej
30.Reumatologiczny
31.
32.Terapii Długoterminowej
33.Udarowy 
34. Urazowo – Ortopedyczny 
35. Urologii Ogólnej i Onkologicznej
36. Zakład Pielęgnacyjno - Opiekuńczy w Grudziądzu

Brodnica
1. Anestezjologii i Intensywnej Terapii II w Brodnicy

Chirurgii Ogólnej II w Brodnicy
2. Dziecięcy II w Brodnicy
3. Medycyny Paliatywnej w Brodnicy
4. Neonatologiczny II w Brodnicy

Położniczo-Ginekologiczny II w Brodnicy
5. Wewnętrzny III z salą Intensywnego Nadzoru Kardiologicznego w Brodnicy
6. 
7. Urazowo – Ortopedyczny II w Brodnicy
8. 
9. Zakład Pielęgnacyjno - Opiekuńczy w Brodnicy

Poradnie Specjalistyczne

1. Ambulatorium Chemioterapii
2. Alergologiczna 
3. Alergologiczna dla Dzieci 
4. Anestezjologiczna 
5. Audiologiczna
6. Chirurgiczna Ogólna dla Dzieci 

Chirurgia Naczyń
7. Chirurgii Ogólnej 
8. Chirurgii Ogólnej w Brodnicy 
9. Chirurgii Onkologicznej 
10. Chirurgii Onkologicznej II w Brodnicy

Chorób Piersi

Chorób Piersi w Brodnicy
11. Chorób Płuc i Gruźlicy 
12. Chorób Płuc i Gruźlicy II w Brodnicy 
13. Chorób Zakaźnych dla Dzieci 
14. Diabetologiczna 
15. Diabetologiczna II w Brodnicy
16. Diabetologiczna dla Dzieci 

Dietetyczna
17. Dla Kobiet w Ciąży 
18. 
19. Endokrynologiczna
20. Endokrynologiczna dla Dzieci
21. Endokrynologiczno – Ginekologiczna
22. Gastroenterologiczna 
23. Gastroenterologiczna II w Brodnicy
24. Ginekologiczna dla Dziewcząt 
25. Ginekologiczno – Położnicza  
26. Ginekologiczno – Położnicza II w Brodnicy 

Kardiochirurgiczna

Kardiologiczna i Zaburzeń Rytmu
27. Kardiologiczna z Pracownią Elektrokardiograficzną
28. Kardiologiczna dla Dzieci z Pracownią Echokardiograficzną 
29. Kardiologii Inwazyjnej 
30. Kompleksowa Ambulatoryjna Opieka Specjalistyczna (nad chorym na cukrzycę)
31. Leczenia Bólu
32. Logopedyczna 
33. Medycyny Nuklearnej
34. Nefrologiczna
35. Nefrologiczna dla Dzieci 
36. Neurologiczna 
37. Neurologii Wieku Rozwojowego 
38. Neurochirurgiczna 
39. Okulistyczna 
40. Okulistyczna dla Dzieci 
41. Onkologiczna 
42. Otolaryngologiczna 
43. Otolaryngologiczna dla Dzieci
44. Ortopedyczna dla Dzieci 

Patologii Ciąży i Badań Prenatalnych

45. Patologii Noworodka 
46. Patologii Noworodka II w Brodnicy
47. Preluksacyjna 
48. Preluksacyjna II w Brodnicy 
49. Profilaktyczna

Profilaktyki Onkologicznej z Gabinetem USG w Brodnicy
50. 
51. 
52. 
53. Psychologiczna

Psychologiczna w Brodnicy
54. Psychologiczna dla Dzieci i Młodzieży
55. Pulmonologiczna dla Dzieci 
56. Rehabilitacyjna 

Rehabilitacyjna dla Dzieci
57. Rehabilitacyjna II w Brodnicy 
58. Reumatologiczna 
59. Sportowa 
60. Szkoła Rodzenia 

Udarowa
61. Urazowo-Ortopedyczna 
62. Urazowo-Ortopedyczna II w Brodnicy 
63. Urologiczna 
64. Wad Postawy 
65. Wad Postawy II w Brodnicy
66. Zdrowia Psychicznego 
67. Zdrowia Psychicznego II w Brodnicy 
68. Zdrowia Psychicznego dla Dzieci i Młodzieży
69. Zespół Wyjazdowy Opieki Paliatywnej

Zakład Patomorfologii:

Pracownia Histopatyczna

Pracownia Cytologiczna

Prosektorium Szpitalne

Zaklad Radiologii Ogólnej i Diagnostyki Obrazowej:

1. Pracownia Rezonansu Magnetycznego
2. Pracownie Tomografii Komputerowej
3. Pracownia Tomografii Komputerowej II w Brodnicy
4. Pracownie Radiologii Konwencjonalnej
5. Pracownia Radiologii Konwencjonalnej II w Brodnicy
6. Pracownie Ultrasonografii
7. Pracownia Ultrasonografii II w Brodnicy
8. Pracownia Mammograficzna
9. Pracownia Mammograficzna II w Brodnicy
10. Pracownia Angiograficzna
11. Pracownia Hemodynamiczna, Elektrofizjologii i Elektroterapii Serca

Zakład Medycyny Nuklearnej

Laboratorium Analityczne

Pracownia Analityki Ogólnej
Pracownia Analityki Ogólnej II w Brodnicy
Pracownia Hematologii
Pracownia Hematologii II w Brodnicy
Pracownia Immunochemii
Pracownia Biochemii
Pracownia Wirusologii

Laboratorium Mikrobiologiczne

Pracownia Bakteriologii Ogólnej
Pracownia Prątka Gruźlicy
Pracownia Chorób Przenoszonych Drogą Płciową
Pracownia Mykologiczna

Oddział Ratownictwa Medycznego

Zespoły Ratownictwa Specjalistycznego
Zespoły Ratownictwa Podstawowego

Zespół Transportu Sanitarnego

Zespół Dyspozytorów Ratownictwa Medycznego
SOR – Dorosłych
SOR – Dziecięcy
SOR – Położniczo-Ginekologiczny
Ambulatorium Pomocy Doraźnej
Izba Przyjęć Położniczo - Ginekologiczna
SOR w Brodnicy
Stomatologiczna Pomoc Doraźna
Wyjazdowa Opieka Lekarska
Wyjazdowa Opieka Pielęgniarska

Zakład Patomorfologii

Pracownia Histopatologiczna
Pracownia Cytologiczna
Prosektorium Szpitalne

Zakład Medycyny Nuklearnej

Inne Ośrodki Medyczne

Centralny Blok Operacyjny
Blok Operacyjny 
-pediatryczny

-okulistyczny

-laryngologiczny

-położniczy

-kardiochirurgiczny z chirurgią naczyń
Blok Operacyjny II w Brodnicy
Centralna Sterylizatornia
Apteka Szpitalna z magazynem medycznym

Apteka zewnętrzna
Bank Krwi z Pracownią Serologiczną
Bank Krwi z Pracownią Serologiczną w Brodnicy

Pracownia Badań Urodynamicznych
Pracownia Endoskopowa
Pracownia Endoskopowa II w Brodnicy
Pracownia Echo dla Dzieci
Pracownia Prób Wysiłkowych dla Dzieci
Pracownia Biopsyjna
Zakład Fizjoterapii

Zaklad Fizjoterapii w Brodnicy
Podstawowa Opieka Zdrowotna

Inne ośrodki działalności w pionie z-cy dyrektora ds. pielęgniarstwa:

1.      Dział Żywienia
-         Sekcja Dietetyki
-         Kuchnia
-         Stołówka
-         Magazyny żywnościowe
-         Bar
-         Kawiarnia
-         Sklep przemysłowo - spożywczy
2.      Dział Epidemiologii
3.      Zespół ds. Zakażeń Szpitalnych
4.      Przełożona pielęgniarek w Brodnicy
5.      Referat  ds. Jakości
6.      Referat ds. Szkoleń
7.      Ekipa Sprzątająca
8.      Ekipa Sprzątająca II w Brodnicy
9.      Sklep zaopatrzenia ortopedycznego, środków pomocniczych i sprzętu medycznego
10.  Pawilon handlowy

Dział administracyjno - organizacyjny tworzą:

1.      Referat ds. Osobowych
2.      Referat ds. Kancelaryjno-Administracyjnych

- Referat ds. Funduszy Unijnych

- Referat ds. Marketingu
3.      Referat Organizacyjny
4.      Referat Kontraktowania i Rozliczania Świadczeń Zdrowotnych
5.      Referat ds. Promocji Zdrowia
6.      Referat Statystyki Medycznej
7.      Biuro Informacji i Obsługi Interesantów
8.      Centralna Rejestracja
9.      Składnica Akt

Dział Ekonomiczno - Finansowy tworzą:

1.      Referat Księgowości Finansowej
2.      Referat Księgowości Zarządczej
3.      Referat Wynagrodzeń
4.      Referat Inwentaryzacji
5.      Kasa

Dział Techniczno - Eksploatacyjny tworzą:

1.      Sekcja Techniczna
2.      Sekcja Aparatury Medycznej
3.      Sekcja Transportowa
4.      Sekcja Transportu Wewnętrznego
5.      Sekcja Gospodarcza z magazynem gospodarczym
6.      Pralnia w Brodnicy
7.      Parking w Grudziądzu
8.      Parking w Brodnicy

Dział Zamówień Publicznych tworzą:

1.      Referat Obsługi Zamówień
2.      Referat Zaopatrzenia

Dział Energetyki i Ochrony Środowiska tworzą:

1.      Sekcja Elektroenergetyczna
2.      Sekcja Ciepłowniczo - Sanitarna
3.      Referat Gazów Medycznych
4.      Referat Ochrony Środowiska
5.      Referat Urządzeń Dozorowanych

Dział Informatyki i Teletransmisji tworzą:

1.      Sekcja Informatyczna
2.      Sekcja Teletransmisji i Telemedycyny

Dział Inwestycyjno-Remontowy tworzą:

1.      Stanowisko ds. przygotowania i rozliczania procesu inwestycyjnego
2.      Stanowisko ds. nadzoru nad sprawozdawczością i dokumentacją
3.      Stanowisko ds. obsługi księgowo-rachunkowej
4.      Zespół inspektorów nadzoru
5.      Zespół remontowy

Stanowiska samodzielne:

1.      Pełnomocnik Dyrektora ds. Systemu Zarządzania Jakością
2.      Radca Prawny
3.      Administrator Bezpieczeństwa Informacji
4.      Inspektor BHP
5.      Inspektor OC
6.      Inspektor p/poż.
7.      Kapelan szpitalny

Organami doradczymi Dyrektora, nie tworzącymi odrębnych komórek organizacyjnych są:

1.      Rada Ordynatorów
2.      Rada Naukowa
3.      Rada Oddziałowych
4.      Komitet Terapeutyczny
5.      Komitet Transfuzjologiczny
6.      Komitet ds. Żywienia
7.      Komitet ds. Jakości
8.      Komitet ds. Zakażeń Szpitalnych
9.      Zespół ds. Antybiotykoterapii
10.  Zespół ds. Leczenia Bólu